השלב הראשון של טיפול זוגי הוא האבחון. אבחון נכון מאפשר להבין את הבעיות בין בני הזוג על כל מורכבותן, ולהכין את הכלים המתאימים לפיתרון. האבחון מאפשר לקבוע אם נדרש כאן ייעוץ בלבד, או שיש צורך בטיפול מעמיק ויסודי. השלב הראשוני הזה תפקידו בין השאר לאתר בעיות אישיות אצל כל אחד מבני הזוג, שאולי אינן קשורות במישרין לזוגיות אך הן מחלחלות אל תוך הקשר ומקשות עליו. לפעמים מתברר שאחד מבני הזוג או שניהם זקוקים לטיפול זוגי פרטני.

לזהות קונפליקטים בין בני הזוג

השלב הבא של טיפול זוגי הוא סדרה של פגישות, שבהן היועץ מאפשר לבני הזוג לבטא ולחלוק את כל מה שמציק להם, לדווח על בעיות, להתלונן על בן הזוג או לספר על ניסיונות לפיוס שכשלו. המטפל הזוגי משמש כאן אוזן קשבת ומכילה, ותוך כדי כך לומד להכיר את בני הזוג, את מורכבות היחסים ביניהם, את מהותו של הקונפליקט ואת הכלים הדרושים לטפל ולעזור להם.

שיתוף הפעולה של הזוג

ייעוץ זוגי בנשר או טיפול זוגי בקריות יכול להביא לאותה תוצאה טובה אם הזוג משתף פעולה.
עצם העובדה שהיועץ או המטפל הם אנשים מבחוץ, שאינם קשורים למערכת הזוגית ואינם מצדדים בצד זה או אחר, מאפשרת לבני הזוג להיפתח, ובמהלך הייעוץ עשויות לעלות בעיות שהם עצמם לא הכירו ולא ידעו על קיומן.
החשיפה לא קלה, אך תכליתה לקבוע אם מדובר בקונפליקט ממוקד שניתן לפיתרון תוך פרק זמן קצוב, או שיש צורך ב"טיפול שורש". זוגיות היא ישות המורכבת משני בני אדם נפרדים, כל אחד עם דעות משלו וראיית עולם משלו, כל אחד עם משפחה מקורית משלו, והם מתנהלים בעולם באופן שונה כיחידים או כבני זוג.
בטיפול זוגי הדגש אפוא על אבחון מדויק. בייעוץ הממוקד תיבחר הבעיה המרכזית, ויתקיים דיון בגישות השונות להתמודדות איתה. ניסוי בגישות חדשות, וצורות מחשבה אחרות יכול להביא לפתרון או להתקדמות ניכרת בהתמודדות עם הבעיה, ובאפשרות לדבר עליה אחד עם השני, בצורה אחרת.